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发菌以“井”字形堆叠，高约1m，底部用石块或废木垫空，要求堆内温度控制在20兀以上、28兀以下，晴天中午气温高时应撑膜通风降温。每周将段木上下、内外翻动1次，促进发菌均匀。约经30d，接种穴和树皮下长满菌丝，发菌结束。埋土养菌及子实体发生选排水良好、有水源或树荫下作菌床，畦床宽1.2m，深20cm。将段木横向排放在菌床内，段木间距5cm，以无杂质的细壤土填没段木间隙，而后上面覆2cm的土层。搭荫棚离菌床高60cm，棚上盖稀草帘，外覆薄膜，防止直射光和大雨冲刷。这段时间，减少水分供给，养菌约30d。当段木两端断面上具有黄白色菌丝即进入子实体发生阶段，增加空间的湿度，晴天喷水1~2次，保持土壤湿润。7月初子实体陆续发生。第2年5~7月盛产，第3年仍有子实体产生。
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河南驻马店市近几年研究段木熟料栽培灵芝，其产品质量可靠，效益较好。2009年至2010年度，有部分芝农，因前期发菌、芝棒下地等技术环节管理不到位及春季天气温度低等方面的原因，芝棒污染严重，造成了资源浪费及经济损失，个别地方因此产生菌种质量纠纷，影响着灵芝产业的发展。对此，笔者对我市灵芝主产区的芝棒污染原因进行了专门的调查研究，并提出了相应的措施。污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。
加葡萄糖（处理③）。在基础配方中添加牛肉膏和蛋白胨后，虫草生长与只添加无机盐相比没有明显差别，推测牛肉膏和蛋白胨提供的主要营养物质———磷酸盐、碳源、氮源和维生素在磷酸二氢钾和硫酸镁存在的情况下已并非限制性因子，即达到了营养饱和。因此再添加并不能有促进生长作用，反而由于添加物质过多导致培养基缝隙过密，不利于出草。处理⑤和处理⑥的无机盐和葡萄糖添加量相等，但分别添加了牛肉膏和蛋白胨，虫草生长出现统计学差异，这可能是由于牛肉膏和蛋白胨分别添加导致培养基中C：N比例改变，牛肉膏中提供大量碳源，而蛋白胨提供大量氮源，而只有在合适的C：N前提下，虫草子实体才能正常生长[7]。在葡糖糖提供了足够碳源的基础上，培养基中添加蛋白胨更适合虫草生长。在大米培养基中只添加有机质（处理②），虫草的生长和只添加无机盐相当，因此，在实际生产中，性质稳定而价格较低的无机盐更为实用。
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